Това трябва да е така, защото инсталирате psycopg2 в инсталацията на python на системно ниво, а не във вашия virtualenv.
sudo apt-get install python-psycopg2
ще го инсталира в инсталацията на python на системно ниво.
Можете да го инсталирате във вашия virtualenv чрез
pip install psycopg2
след активиране на вашия virtualenv или можете да създадете своя virtualenv с --system-site-packages флаг, така че вашият virtualenv да има вече налични пакети във вашия системно ниво python.
virtualenv --system-site-packages test
където test е вашата виртуална среда.
