Можете да се присъедините срещу виртуална таблица от вид:
SELECT * FROM answers
JOIN (VALUES (4509, 'B'), (622, 'C'), (1066, 'D'), (4059, 'A'), (4740, 'A'))
AS t (p,o)
ON p = problem_id AND o = option
Можете да направите нещо подобно с UPDATE.