В случай, че някой друг се сблъска с тази грешка. Това е проблем с pyenv. Дори и след
sudo apt-get install python3-gdbm
библиотеката ще бъде инсталирана в системата, но не и в pyenv. Така че решението, описано тук:
GDBM не работи с Python 3.6 и anaconda
Стъпките ще бъдат същите за pyenv.