проблемът е тук
const app = require("../index.js"); // the express server
Всеки път, когато се опитвате да изисквате index.js технически копирате и поставяте целия код от index.js към вашия тестов скрипт.
Тъй като изпълнявате няколко тестови файла едновременно, всеки тест се опитва да изпълни един и същ код в index.js
Можете да прочетете повече на този http://fredkschott. com/post/2014/06/require-and-the-module-system/
