След известно допълнително проучване, аз сам получих отговор на въпроса си. Вместо да използвам oid променливи директно или да използвам низове, трябва да използвам функцията BCON_OID. Следната заявка помага да извлека това, което исках:
qry = BCON_NEW("$query", "{", "name", "{", "$in", "[",
BCON_OID(oid1), BCON_OID(oid2), BCON_OID(oid3), "]", "}", "}");