Бих предложил да съхранявате гласовете като списък с история _id s във всеки потребител. По този начин можете да разберете за какви истории е гласувал даден потребител, просто като погледнете списъка. За да привлечете потребителите, които са гласували за история, можете да направите нещо като:
db.users.find({stories: story_id})
където story_id е _id на въпросната история. Ако създадете индекс на stories и двете заявки ще бъдат бързи.