Опитайте този, при мен свърши работа:
db.<your collection>.find({"a_list_of_dbrefs.$id": ObjectID("4e2d48ab580fd602eb000004")})
Можете също така да извлечете всички елементи, които имат препратка към колекция:
db.<your collection>.find({"a_list_of_dbrefs.$ref": "somecollection"})