Според изданието Бележки за MongoDB 3.6 https://docs.mongodb.com/manual/release-notes/3.6/
(@ Съвместими драйвери), за да получите достъп до функциите на mongodb 3.6, е необходимо да използвате драйвера на възел 3.x.
Изглежда, че драйверът е в състояние RC (към момента на този отговор) .https://github.com/mongodb/node-mongodb-native/releases
И като такъв вероятно mongoose все още чака да започне да го използва.https://github.com/Automattic/mongoose/blob/master/package.json
Така че трябва да изчакате, докато тези неща бъдат уредени, или, разбира се, можете да опитате да свържете нещата сами, докато официалната адаптация приключи.
-- Актуализация --
Сега работи добре.
