Избягвайте дублиращи се записи в масива Mongoose

Използвайте $addToSet оператор за актуализиране така:

Team.update({_id: team._id}, {$addToSet: {players: player}})

Предполага се, че player е ObjectId на играч, той ще бъде добавен само към players на отбора масив, ако вече не е наличен.