Как да филтрирате документи въз основа на вграден масив?

Трябва да използвате $elemMatch(projection) . Нещо като по-долу трябва да работи.

import static com.mongodb.client.model.Projections.elemMatch;

Bson filters = and(eq("userId", userId));
Bson projections = fields(elemMatch(ARRAY_FIELD_NAME, eq("id", id)), excludeId());