Първо трябва да отворите крайна точка във вашия сървър. Mongodb е база данни и по този начин можете да получите достъп до нея от вашия бекенд, като внедрите контролер или нещо подобно. След това можете да направите извикване на API към тази крайна точка.
$scope.del = function(data) {
$http.post('/records/' + data.id + '/delete')
.then(function(){
.... the rest of your angular code goes here
})
};