В синтаксиса на MongoDB има $in оператор, който работи точно като intersect+any, когато искате да съпоставите масив в паметта с друг масив, вграден във вашия документ.
В MongoDB C# драйвер можете да използвате AnyIn
за да приложите този оператор за два масива. Опитайте:
db.col.save({ Collection: [1,2,3] })l
След това в C#:
var filterBuilder = Builders<YourModel>.Filter;
var inMemoryList = new List<int>() { 3, 4, 5 };
var result = Col.Find(filterBuilder.AnyIn(x => x.Collection, inMemoryList)).ToList();