Добре ли е да използвате Object ID на Mongo като негов уникален идентификатор? Ако е така, как мога да го конвертирам в низ и да го търся по низ?

Можете да създадете нов ObjectId използвайки низа. Този пример използва конзолата MongoDB:

db.users.find({ _id: ObjectId("4cdfb11e1f3c000000007822") })

От въпроса ви не мога да разбера кой езиков драйвер използвате (ако изобщо използвате), но повечето драйвери също поддържат тази функционалност.

НЕ трябва да конвертирате ObjectId в базата данни към низ и след това го сравнете с друг низ. Ако направите това, MongoDB не може да използва _id индекс и ще трябва да сканира всички документи, което води до лоша производителност на заявката.