MongoDB премахва документ на поддокумент от поддокумент

трябва да използвате $pull операция за изтриване на елемент от масив.

        var query = Query.And(Query.EQ("_id", applicationId),
                         Query.EQ("Settings.Key",  "ImportDirectory"));
        var update = Update.Pull("Settings.$.Overrides", new BsonDocument(){
            { "Name", "PathDirectory" }
        });
        database.Applications().Update(query, update);