Когато имах точния проблем, не успях да направя заявка, като пренебрегна главни и малки букви. В крайна сметка копирах стойността, която исках да търся, нормализирайки я. В този случай можете да създадете ново свойство и да го конвертирате в малки букви и да имате индекс върху това.
РЕДАКТИРАНЕ:
DBObject ref = new BasicDBObject();
ref.put("myfield", Pattern.compile(".*myValue.*" , Pattern.CASE_INSENSITIVE));
DBCursor cur = coll.find(ref);
Чудя се дали това работи?