Заявката в регистрационния файл не съответства на заявката, която изпълнявате, местоположението е различно:
[ 116.3426399230957, 39.95959281921387 ] спрямо[ 116.3175773620605, 39.97607231140137 ]
Също така не мисля, че сте възпроизвели целия си ред от дневника, тъй като той само споменава area а не deliver_area .
Те обаче не са наистина бавни . В първия случай отне 103 ms, което в някои случаи може да се случи, тъй като сървърът ви извършва други IO. Втората заявка отне 5ms като explain() изходът ви казва.
Но най-впечатляващото е, че вашият основен критерий е id: 59 . Не знам какъв е вашият _id е, но ако зададете индекс на id тогава това дори не трябва да използва 2dsphere индекс изобщо — освен ако разбира се нямате много документи, където id=59 . В такъв случай може да е по-добре със съставен ключ на { id: 1, deliver_area: '2dsphere' } .