Току-що намерих решение и то работи перфектно за мен.
mongoose.connection.db.collection('player').updateOne(
{_id: mongoose.Types.ObjectId('56cb91sf34746f14678934ba')},
{$set: {name: 'Test'}}
);
Тази заявка няма да актуализира updatedAt
поле. Надяваме се, че все още имате нужда от това!