mongodb получава целия документ от стойност

Когато извикате bots.findOne({data}) той връща "обещание", а не данните. Трябва да изчакате разрешаването на Promise, за да получите данните. Можете да опитате този код.

   socket.on("bot_req_id", async function(data) {
       let db = mongoose.db("wumpusCave")
       let bots = db.collection("bots")
           console.log(data)
           let bot = await bots.findOne({data})
           console.log(bot);
           socket.emit("bot_res_id", bot)
   })

Тази статия може да ви помогне да разберете концепцията:https://scotch.io/courses/10-need-to-know-javascript-concepts/callbacks-promises-and-async