Току що се натъкнах на същия проблем. Ърни Хърши от MongoDB ми помогна да го разреша, като отговори на публикацията ми в потребителската група на MongoDB:
https://groups.google.com/forum/#!topic /mongodb-user/5xRQW7ER4hE
По принцип трябва да стартирате yum makecache
преди да стартирате yum install mongodb-org
поради грешка в начина на генериране на MongoDB RC пакети. Това реши проблема за мен.