mongoose stringify премахва празни елементи

JSON.stringify обикновено не премахва празни обекти, така че това е специфично за mongoose.

Бих препоръчал да опитате .toObject() или .toJSON()

http://mongoosejs.com/docs/api.html#document_Document-toObject

Този ще бъде извикан по време на .stringify, така че вероятно е това, което изрязва празните обекти.http://mongoosejs.com/docs/api.html#document_Document-toJSON

Затова опитайте първо това:

JSON.stringify(obj.toObject());