Имате допълнително поле, наречено is_deleted в колекция. Вмъкнете is_deleted като false за нови документи. Когато изтривате, просто актуализирайте тази стойност на true за този документ. Всеки път, когато трябва да прочетете документи от колекция, подайте is_deleted : false за колекцията.