Ако стартирате mongod като потребител xxx тогава всички директории и файлове, които трябва да използва, трябва да бъдат собственост на потребител xxx - във вашия случай виждам няколко файла, притежавани от root така че mongod не може да манипулира тези файлове.
Коригирайте разрешенията и се уверете, че никога не стартирате mongod отново като root. Освен това, когато получите грешка от mongod разглеждането на лог файла ще ви каже точно какво е причинило грешка. (Във всички случаи, освен когато файлът не може да се записва от потребителя mongod работи като).
