mongodb:използвайте вложен документ или отделни колекции с препратки

Всичко зависи от случая на използване - като естество на данните, честота на четене, модели за достъп до данни и т.н.

Във вашия случай изглежда, че „записът с малки данни“ зависи от потребителските данни, а не е наистина самостоятелни данни. Тъй като размерът също е малък, по-добре е данните да се вградят в потребителска колекция.