Не мога да намеря никакви документи, които да покриват този прост случай, за да мога да разбера защо имате проблеми. Но е толкова просто, колкото използването на $set
с ключ, който използва нотация с точка за препратка към вграденото поле:
OrganizationModel.update(
{name: 'Koka'},
{$set: {'address.street': 'new street name'}},
callback);