TypeError:Не може да се използва оператор "in" за търсене на "_id" в [{}]

това е така, защото вашето req.body съдържа адрес:'{}', който е низ, а не масив и не обект, ако пишете

 var body={ name: 'santhu', address: []}; //and not { name: 'santhu', address: '{}'}
 var employee = new Employee(body);

ще работи добре