Разбирам какво имате предвид за методите, но мисля, че проблемът с опита за db.command е, че се опитвате да стартирате shell helper като команда, а не самата команда. Действителната команда е в този формат:
// get current levels
db.runCommand({ profile : -1 })
// set the level to log slow ops
db.runCommand({ profile : 1 })
// set to log slow ops and change the threshold to 200ms
db.runCommand({ profile : 1, slowms : 200 })
//revert to defaults
db.runCommand({ profile : 0, slowms : 100 })
Така че, ако опитате да предадете съответната стойност в db.command, това трябва да работи.