Ако погледнете изходния код на pymongo , ще откриете, че update функцията няма да получи параметър за arrayFilters , така че трябва да използвате update_one , който ще приеме незадължителен параметър с име array_filters :
db.dept.update_one(
{"emps._id" : {"$gte" : 1111, "$lte" : 1114}},
{"$inc" : {"emps.$[idx].salary" : 20000}},
upsert=True,
array_filters=[{"idx._id" : {"$gte" : 1111, "$lte" : 1114}}]
)