За съжаление в момента няма начин да изпълните тази заявка -- освен ако не желаете да опростите приложението (т.е. приемете, че всички многоъгълници са кръгове с определен радиус [или малък набор от радиуси]).
Има отворен билет за описаната от вас функционалност:https://jira.mongodb.org/browse /SERVER-2874