Вашият асинхронен код е дефектен и вашият db.close() ред се изпълнява преди вашия асинхронен insert всички команди са изпълнени. Трябва да контролирате потока на вашата програма, за да A) нямате милион едновременни вмъквания на база данни да се случват/на опашка и B) да изчакате, докато всички те бъдат обработени от mongo, преди да затворите връзката. Помислете за помощна библиотека като async.forEach за да ви помогне с това, ако не искате да го кодирате сами.