Имах същия проблем.. Поправих го, като използвах времето на епохата..
Можете да проверите тукhttp://www.epochconverter.com/
Използвах java .. така че използвах
Дата x =нова дата (година, месец, ден)
и получи епохата с помощта на x.getTime() и я изпрати на mongoexport
така че вашият отчет за износ на mongo би бил
mongoexport -d проект -c coll --csv -o резултат -f източник -q '{"date":{$gte:(Date(1295913600)),$lt:(Date(1298678400)}}'