Вярвам, че полето ts всъщност е Timestamp поле, конзолата просто се опитва да го опрости за вас (което го прави много подвеждащо). Можете да направите заявката по този начин и тя трябва да работи:
db.oplog.rs.find({ ts: Timestamp(1335200998000, 540)});
Можете да използвате $gte и $lte както обикновено:
db.oplog.rs.find({ ts: {$gte: Timestamp(1335100998000, 1)}});
db.oplog.rs.find({ ts: {$lte: Timestamp(1335900998000, 1)}});
Вторият аргумент е инкрементален порядък за операции в рамките на дадена секунда.