Ще трябва да прегледате всичките си документи в кода и да използвате замяна на регулярен израз, за да почистите низовете.
Ето как бихте го направили в mongo shell за test
колекция с phone
поле, което трябва да се почисти.
db.test.find().forEach(function(doc) {
doc.phone = doc.phone.replace(/[^0-9]/g, '');
db.test.save(doc);
});