Ще трябва да приложите булева логика, за да обърнете И в ИЛИ на отрицанието на всеки член поотделно:
collection.find({$or: [{age: {$gte: maxAge}}, {gender: {$ne: 'female'}}]})
или
collection.find({$or: [{age: {$not: {$lt: maxAge}}}, {gender: {$ne: 'female'}}]})
