Можете да подадете име на индекс като параметър, за да си осигурите Index:
db.collection.ensureIndex({"birds.parrots.macaw.blue.id": 1}, {name:"myIndex1"});
db.collection.ensureIndex({"birds.parrots.macaw.blue.id": 1, "field2": 1}, {name:"myIndex1"});