Ако използвате най-новата версия на mongo, тогава можете да използвате $replaceRoot и $mergeObjects (препратка от stackoverflow отговор )
let pipeline = [
{
"$replaceRoot":{
"newRoot":{
"$mergeObjects":[
{
"id":"$id"
},
"$properties"
]
}
}
}
]
db.collection.aggregate(pipeline)