Има билет за JIRA за този проблем и той е коригиран във 2.5.0.
Засега можете да използвате точката на unicode за двойни кавички, когато вмъквате:
> db.foo.insert({ "field": "test \u0022 test" })
> db.foo.find()
{ "_id" : ObjectId("533455e563083f9b26efb5c2"), "field" : "test \" test" }