Когато правите първоначално синхронизиране от нулата на вторичен, той записва всички данни свежи. Това премахва подпълване, празно пространство (изтрити данни) и т.н. В резултат на това в това отношение е подобно на извършване на поправка.
Ако стартирате поправка на основния (блокираща операция, която трябва да се направи само ако е абсолютно необходимо), тогава двете ще бъдат много по-близки като цяло.
Ако проверите изхода от db.stats()
трябва да видите, че различните бази данни имат еднакъв брой обекти, разликите в размера на директориите с данни не са повод за безпокойство.