Иманата проблеми, можете да видите, че индексът е там. Очаквате ли да не позволява дублиращи се елементи? За целта трябва да зададете уникален флаг на true:
db.users.ensureIndex({ name : 1},{unique: true});
АКТУАЛИЗАЦИЯ:изпълнява се още веднъж с {unique: true}
не работи, трябва да пуснете и ensureIndex
отново:
db.users.dropIndex({name:1})
db.users.ensureIndex({ name : 1}, {unique:true, dropDups : true});