Използвайте mongorestore .
Той презаписва колекцията само ако посочите --drop параметър. Така че, ако не направите нищо, той просто ще добави нов елемент (като по този начин прави това, което искате).
Единственият проблем може да възникне, ако имате същия _id
елементи, в който случай просто ще ги игнорира.