Добавянето на следните редове пред exit 0 във файла /etc/rc.local с root привилегии направи магията. Рестартира ОС след запазване на файла. След това предупрежденията изчезнаха в mongo shell.
Източник:MongoDB документация (http ://docs.mongodb.org/manual/reference/transparent-huge-pages/#transparent-huge-pages-thp-settings )
if test -f /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/khugepaged/defrag; then
echo 0 > /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/khugepaged/defrag
fi
if test -f /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/defrag; then
echo never > /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/defrag
fi
if test -f /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/enabled; then
echo never > /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/enabled
fi