C# драйверът (или който и да е друг драйвер) не е предназначен да изпълнява "директно" команди на mongo shell. За това е черупката. Това, което трябва да направите, е да преведете командите на mongo shell в еквивалентни изрази на C#.
Ако искате да изпълнявате команди на mongo shell, изпълнете ги в mongo shell.