Mongoose findOne вграден документ от _id

Поддокументите имат метод .id(), така че можете да направите това:

myModel.findById(myDocumentId, function (err, myDocument) {
  var subDocument = myDocument.mySubdocuments.id(mySubDocumentId);
});

Вижте http://mongoosejs.com/docs/subdocs.html за справка.