Можете да използвате
IMongoUpdate updateDoc = new UpdateDocument("$set", doc);
collection.Update(Query.EQ("_id",id), updateDoc);
Трябва обаче да внимавате.
Ако първо десериализирате документа си в SomeObject, всички полета ще получат стойността си по подразбиране (нула за низове, 0 за цели и т.н.). И ако използвате този обект за актуализацията, полетата, които не съществуват във вашия json низ, ще бъдат актуализирани до стойността си по подразбиране.
Ако използвате
var bsonDoc = BsonSerializer.Deserialize<BsonDocument>(jsonString);
IMongoUpdate updateDoc = new UpdateDocument("$set", bsonDoc);
collection.Update(Query.EQ("_id",id), updateDoc);
вашият документ в базата данни ще бъде актуализиран само за полетата, които присъстват във вашия jsonString