не може да прави заявки през ListField(EmbeddedDocumentField)

Ще трябва да направите $elemMatch [1] заявка и в момента няма вградена поддръжка за нея в mongoengine. Трябва да направите суров заявка така:

Agent.objects.filter(
    name='ashraf',  
    __raw__={"skills": {
        "$elemMatch": {
            "level": {"$gt": 5}, 
            "name": "Computer Skills"
        }
    }}
)

[1] http://www.mongodb.org/display /DOCS/Advanced+Queries#AdvancedQueries-%24elemMatch