И така, ето промените, преди да започне да работи, премахна var Doc =и затвори db само след задействане на функция в findOne(), в противен случай тя затваря DB преди резултата.
var name = 'chrispy';
var pass = '';
console.log("About to check for name and pw");
Mongo.connect('mongodb://127.0.0.1:27017/main', function(err, db) {
if(err) throw err;
var collection = db.collection('users');
// does user exist
collection.findOne({name : name}, function(err,doc){
if(err) throw err;
if(doc)
console.log("Found: "+name+", pass="+doc.pass);
else
console.log("Not found: "+name);
db.close();
});
});