Можете да създадете индекса с mongo shell, но ако искате да го направите чрез код и тъй като използвате spring-data-mongodb, използвайте това:
mongoTemplate.indexOps(B.class).ensureIndex(new Index().on("a", Order.ASCENDING));
Можете също да посочите името на колекцията, ако името на вашия клас не съвпада с него:
mongoTemplate.indexOps("b").ensureIndex(new Index().on("a", Order.ASCENDING));