Мисля, че най-добрият начин е недефиниран, тъй като бих предложил да не включвате този ключ изцяло. Mongo не работи като SQL, където трябва да имате поне null във всяка колона. Ако нямате стойност, просто не включвайте ключа. След това, ако направите заявка за всички документи, където този ключ не съществува, той ще работи правилно, в противен случай не. Освен това, ако не използвате ключа, спестявате малко дисково пространство. Направете това е правилният начин в Mongo.
function deleteEmpty (v) {
if(v==null){
return undefined;
}
return v;
}
var UserSchema = new Schema({
email: { type: String, set: deleteEmpty }
});