Заявките в MongoDB не връщат поддокументи (или, както във вашия случай, поддокументи на поддокументи). Те съпоставят и връщат документите в колекцията. Формата на документите може да се променя малко чрез проекция, но това е ограничено. Ако искате често да намирате най-новия етикет, вероятно искате документите ви да представляват етикети. Наличието на масив в масив обикновено е лоша идея и в MongoDB.
Ако това е необичайна операция и такава, която не трябва да бъде особено бърза, можете да използвате агрегиране:
db.modules.aggregate([
{ "$unwind" : "$svn_branches" },
{ "$unwind" : "$svn_branches.tags" },
{ "$sort" : { "svn_branches.tags.updated_at" : -1 } },
{ "$group" : { "_id" : "$_id", "latest_tag" : { "$first" : "$svn_branches.tags" } } }
])