MongoDB премахва всяка база данни

можете да създадете javascript цикъл, който да свърши работата и след това да го изпълните в mongoconsole.

var dbs = db.getMongo().getDBNames()
for(var i in dbs){
    db = db.getMongo().getDB( dbs[i] );
    print( "dropping db " + db.getName() );
    db.dropDatabase();
}

запазете го в dropall.js и след това изпълнете:

mongo dropall.js