Проблемът е, че mongoose все още използва collection.ensureIndex и трябва да бъде актуализиран от тях в близко бъдеще. За да се отървете от съобщението, можете да го понижите, като използвате версия 5.2.8 във вашия package.json (и изтриете всички кешове, крайната възможност е да го деинсталирате и инсталирате с npm install [email protected] ):
РЕДАКТИРАНЕ: От тази редакция Mongoose вече е v5.4.13. Според техните документи това са поправките за предупрежденията за оттегляне...
mongoose.set('useNewUrlParser', true);
mongoose.set('useFindAndModify', false);
mongoose.set('useCreateIndex', true);